Đầu tháng 12 năm 1826, lực lượng hải quân Đại Nam đã tiếp cận được Philippines bằng hai đường, một từ phía nam từ đảo borneo lên Mindanao và từ phía đông từ quần đảo Trường Sa và Hoàng Sa. Tới ngày 10 tháng 12 năm 1826, Hải quân Đại Nam đã tấn công và bắn phá các tiền đồn liên minh, rồi đã đổ bộ lên bờ biển phía Đông đảo Leyte, thuộc nhóm đảo Visaya, về phía bắc của đảo Mindanao. Quân liên minh tại đây đã đánh giá sai tương quan lực lượng hai bên khi đã cố gắng đẩy lùi cuộc đổ bộ bằng việc khơi mào cho trận hải chiến tại vịnh Leyte, diễn ra vào ngày 13 đến 16 tháng 12. Chiến thắng quyết định trong trận này đã loại bỏ hoàn toàn sức mạnh Hải quân của Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha, sau đó thúc đẩy cuộc đổ bộ sau đó lên đảo Leyte.

Trong khi hải quân Đại Nam tiếp tục tiến một cách vững chắc từ hướng Tây, quân liên minh gấp rút huy động lực lượng để củng cố khu vực vịnh Ormoc ở mặt Tây hòn đảo. Những cơn mưa tầm tã cùng với địa hình phức tạp đã khiến cho cuộc hành quân qua hòn đảo Leyte và đảo Samar lân cận về phía Bắc thêm phần khó khăn. Đến ngày 20 tháng 12 năm 1826, các đơn vị quân Đại Nam đã đặt chân tới vịnh Ormoc, và sau một trận đọ sức bằng kỵ binh và bộ binh, mọi cố gắng chi viện và tăng cường lực lượng của quân liên minh cho Leyte đều bị bẻ gãy và hòn đảo đã nằm hoàn toàn trong tầm kiểm soát của Đại Nam 15 tháng 1 năm 1827.

Vào ngày 15 tháng 12 năm 1826, quân Đại Nam thực hiện các cuộc đổ bộ đập tan các vị trí kháng cự rời rạc của quân liên minh phía Nam đảo Mindoro. Tuy nhiên để mở đường cho các cuộc đổ bộ đã được lên kế hoạch trên đảo Luzon là các hoạt động chính của Hải quân Đại Nam tại vịnh Lingayen. Ngày 9 tháng 1 năm 1827, tại bãi biển cực Nam vịnh Lingayen phía Đông đảo Luzon một trung đội bộ binh đổ bộ lên đảo nhưng không gặp sự kháng cự mạnh mẽ. Nối tiếp nhóm tiền tiêu này là các đơn vị còn lại cũng đặt chân lên hòn đảo vài ngày sau. Với sự yểm trợ tích cực của các lại pháo hiện đại các đơn vị bộ binh nhanh chóng tiến sâu vào trong đất liền và chiếm lấy một cứ điểm quan trọng cách Manila 40 dặm về phía Tây Nam, trong vòng một tuần.

Theo sau đó, hai cánh quân Đại Nam tiến lên đảo, một có nhiệm vụ cô lập bán đảo Bataan với phần còn lại của đảo, và cánh thứ hai bao gồm cả binh chủng lính dù tiến vào phía Nam Manila. Hai cánh quân hình thành thế gọng kiềm bao vây thành phố. Vào ngày 25 tháng 1 năm 1827, các đội kỵ binh tiếp cận được vùng ngoại vi phía Bắc Manila và mở một số trận vài ngày sau đó. Khi vòng vây đối với thành phố Manila ngày càng khép chặt, bán đảo Bataan nhanh chóng được giải phóng. Ngày 16 tháng 1, các đơn vị lính dù và tàu đổ bộ tiếp cận đảo Corregidor và dẹp tan mọi sự chống trả của quân Nhật tại đây vào ngày 27 tháng 1.

Mặc cho những bước tiến khả quan ban đầu, các cuộc đụng độ tiếp theo ở Manila diễn ra ác liệt. Phải đến ngày 3 tháng 2, quân Đại Nam mới quét sạch tất cả quân liên minh trong thành phố. Tuy nhiên quân Nhật tại pháo đài Drum, một căn cứ vững chắc nằm trên một hòn đảo trong vịnh Manila gần Corregidor kháng cự cho đến ngày 23 tháng 2, khi mà một toán lính bí mật đổ bộ lên đảo và thiêu rụi pháo đài, không một lính Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha nào sống sót sau đó.

Chiến dịch chiếm lại đảo Palawan nằm giữa đảo Borneo và Mindoro, là hòn đảo lớn nhất nằm ở cực Tây quần đảo Philippines, diễn ra vào ngày 28 tháng 2 mở màng bằng đợt đổ bộ của cánh quân phía Nam lên đảo Puerto Princesa. Quân liên minh tránh các cuộc đối đầu trực tiếp trên đảo Palawan, cũng giống như nhiều nơi khác, quân Nhật đã áp dụng chiến thuật rút vào rừng núi và phân tán thành từng nhóm nhỏ để thực hiện chiến tranh du kích.

Sau đó hải quân Đại thực hiện cuộc đổ bộ đầu tiên lên đảo Mindanao, hòn đảo lớn cuối cùng còn nằm trong tay quân liên vào ngày 1 tháng 3 năm 1827. Tiếp sau đó diễn ra vài cuộc đổ bộ của các đơn vị khác lên Mindanao, trong khi đó quân Đại Nam tiến một cách vững chắc trước sự chống trả bền bỉ của quân liên minh. Sự kiện này là nối tiếp của các trận đổ bộ lên Panay, Cebu, Negros và vài hòn đảo khác thuộc quần đảo Sulu. Trong tháng 3, chiến sự chỉ còn tập trung vào những căn cứ cô lập bên trong đảo Mindanao, Luzon và chỉ kết thúc khi quân Nhật đầu hàng vào ngày 2 tháng 4 năm 1827.